Il Sacro Monte di Ghiffa poté godere di un grandissimo successo per oltre tre secoli, grazie sia allo splendore architettonico che al culto della Trinità diffuso in Val Travaglia e Valle Intrasca, oltre che all’autorizzazione a speciali indulgenze e al luogo, ritenuto ideale per le feste popolari. Inoltre con gli anni furono sempre di più le famiglie nobili che decisero di costruire le loro dimore qui intorno, e ciò non fece che favorire il Monte grazie alle loro generose donazioni.
Tra 1963 e 1965 il Sacro Monte fu dato in consegna ai Padri dell’Ordine dei Servi di Maria. Il XIX secolo purtroppo portò cattive notizie per il Sacro Monte: i borghi di S. Maurizio e Cargiago, coi conti pressoché in rosso, non poterono più occuparsi del luogo sacro, ma come se ciò non bastasse, il bisogno di legna da ardere costrinse gli abitanti del luogo a disboscare la zona, e poiché il luogo non era ben controllato, il depauperamento delle risorse fu una conseguenza inevitabile. A partire dagli anni ’30 le cappelle incominciarono a subire infiltrazioni sempre più gravi, e la zona fu per lungo tempo lasciata in balìa di se stessa. Fu solo nel 1985, col Monsignore Bertolo, che si diede inizio alla restaurazione e al recupero del Santuario della SS. Trinità. Anche la Regione Piemonte volse la sua attenzione al Sacro Monte e, con la legge n. 51 del 7 settembre 1987, fu istituita la Riserva Naturale Speciale. Nel 1988 furono restaurati i primi beni artistici, in primis l’altare della cappella della Trinità. Proprio nel corso dei lavori di recupero del Santuario, anno 1993, al momento della distruzione di un pavimento posticcio, riemersero le fondamenta della cappella romanica ad aula unica con abside semicircolare, risalente ai secoli XI – XII. Ancora oggi, sollevando due botole di legno, è possibile ammirare alcune parti dell’interno dell’antica chiesa. I lavori di restauro complessivi, per ciascuna cappella, ciascun elemento del complesso del Sacro Monte di Ghiffa, furono terminati nel 2000. Tra le altre cose furono rifatti i tetti, sistemate le murature e restaurato il patrimonio artistico delle tre cappelle, del Santuario e del porticato della Via Crucis.